János Zsigmond halála után a katolikus Báthori fejedelmek következtek Erdély trónjára: Báthori István, utána testvére Kristóf, majd annak fia Zsigmond és Báthori Endre (1571—1601). A Báthoriak valláspolitikája a katolikus egyház restaurációjára és az unitarizmus elszigetelésére irányult.

Báthori István elismerte a bevett vallások szabad gyakorlását, de a reformáció terjedését megakadályozta, és az ellenreformáció mellé állott a jezsuiták betelepítésével Erdélybe. Nyíltan nem lépett fel az unitáriusok ellen, de vallásuk gyengítését szolgáló intézkedéseit következetesen érvényesítette. A gyulafehérvári nyomdát elvette tőlük, vallásos munkák kiadását és terjesztését fejedelmi engedélyhez kötötte. S mivel a reformációt befejezettnek tartotta, az 1572. évi országgyűléssel kiadatta a további vallásújítást eltiltó törvényt, melyet a következő Báthori fejedelmek mindig megújítottak. Valójában politikai célját szolgálta az 1576. évi medgyesi országgyűlés határozata, amellyel az unitárius egyház püspökválasztói jogát biztosította.

Az unitarizmusa reformációt állandó folyamatnak fogta fel. Az 1570-es években a krisztológia képezte a vita tárgyát. A Dávid Ferenc által képviselt radikális irány azt hirdette, hogy Jézus ember volt, őt imádni nem kell. Ezzel szemben a konzervatív irány, élén Blandrata Györggyel és Hunyadi Demeterrel, Jézus imádása és segítségül hívása mellett foglalt állást. A vita megosztotta az unitáriusokat és az államhatalommal szövetkezett ellenreformáció fellépését az unitarizmussal szemben megkönnyítette. Erre kedvező alkalmat szolgáltatott Blandrata, aki 1579 februárjában bevádolta Dávid Ferencet a fejedelemnél, hogy Jézusról szóló tanításával újított, megsértette az innovációs törvényt.

Báthori Kristóf, Leleszi János jezsuitával készíttette elő az unitárius reformátor koncepciós perét. Dávid Ferencet eltiltotta a prédikálástól és őrizet alá helyezte. Az 1579. június 1-2. napjain tartott gyulafehérvári országgyűlésen Dávid Ferenc tanítását újításnak nyilvánította s ezért őt az innovációs törvény megszegése miatt, „mások példájára”, holtig tartó várfogságra ítélte. Déva várába záratta, ahol 1579 november 7-én meghalt. Sírja ismeretlen. Emlékére az egyház 1910-ben emlékoszlopot állíttatott fel a dévai várban.

Dr. Erdő Jáno segyháztörténeti áttekintéséből, lásd http://www.unitarius.com/erdoegyhaztortenet.html

lásd még http://unitarius.lap.hu